药物治疗房颤可控制节律、心室率，预防血栓栓塞的发生。而房颤的患者发生的栓塞的几率比较高，应积极配合使用抗凝药物进行预防。抗凝治疗一定要有专科的医生指导，抗凝过度可能导致出血，抗凝强度不够没有起到预防的作用。

合并瓣膜病的患者应采用华法林抗凝，需要定期监测INR，将值控制在2.0到3.0。没有瓣膜病的患者，可以口服抗凝的药物，如达比加群、利伐沙班以及华法林，患者应在医生的指导下选取合适的抗凝药物。